当西格蒙德·弗洛伊德100年前开始研究梦时，他认为梦涉及大脑的许多部分。虽然现代做梦科学已经推翻了弗洛伊德的许多理论，但神经科学家普遍接受他的中心前提，即梦是脑脑系统的有意义的表达。下脑、中脑和高级脑都对做梦认知有贡献，这使得梦成为一个奇怪但富有成效的研究对象。

下脑导致快速眼动睡眠

大脑中最古老的部分是脑干，所有脊椎动物都有。1977年，艾伦·霍布森(Allan Hobson)和R·麦卡利(R McCarley)发现，来自脑干的电化学脉冲创造了大多数梦发生的睡眠阶段。这一阶段的睡眠被称为快速眼动(REM)，它会引导除眼睛外的所有随意肌群瘫痪。科学家们相信，这些来自脑干的脑桥区域的脑脉冲可能会在梦境中产生看似随机的变化，而梦正是因为这种变化而为人所熟知。

中脑增加情绪

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当做梦睡眠开始时，中脑会因为活动而“亮起来”。事实上，人类与所有哺乳动物共享的这部分大脑，比清醒时更加活跃。中脑也被称为边缘系统，控制着情绪反应和渴望。大脑中有一个器官特别活跃:杏仁核，一个核桃大小的物质，哲学家勒内·笛卡尔曾认为它是灵魂的所在地。今天，杏仁核被更好地称为恐惧之座，因为它在维持战斗或逃跑反应方面的作用。

梦研究人员罗莎琳德·卡特赖特认为，梦之所以如此情绪化，是因为我们在重复过去的记忆，并用最近经历的信息来更新它们。这不是直接的推理，而是一种情感逻辑，将所有这些记忆联系在一起。卡特赖特的实验室研究表明，大多数梦的情绪都是消极的。梦中最突出的情感主题是恐惧、焦虑、愤怒和困惑，这为杏仁核在做梦大脑中的作用提供了支持。

高级大脑让一切都有意义

为什么我们在做梦的时候没有意识到怪物、鬼魂和妖精都不是真的?2002年，美国国立卫生研究院(National Institutes of Health)的合著者艾伦·布劳恩(Allen Braun)发表了正电子发射断层扫描(PET)，从做梦患者的大脑扫描中获得的数据清楚地显示，在做梦睡眠期间，高级大脑在很大程度上处于离线状态。具体来说，当我们逃离噩梦妖精时，产生语言、逻辑和批判性思维的前额叶皮层正在进行电化学午睡。然而，一些批判性思维仍然会出现在梦中，这可以从我们在梦中试图“绕过”奇怪的情节变化和怪异的视觉图像来创造新结果的方式得到证明。

在快速眼动睡眠中缺乏执行功能的一个例外可能是清醒梦，即做梦者知道自己在做梦3.．斯坦福大学心理生理学家Stephen LaBerge在实验室证实，清醒梦的特征是梦中有意识的选择、积极的思考和逻辑推理3.．德国法兰克福神经学实验室的乌苏拉·沃斯和她的同事们进一步证实了这一说法，他们发现，在做“自我意识”梦时，大脑额叶和额外侧区域的活动增强。

关于梦的科学仍处于起步阶段，但自从弗洛伊德博士解释了大脑的哪个部分创造梦以来，神经科学已经取得了长足的进步。