据莱纳斯鲍林研究所微量营养素信息中心的医生介绍，异黄酮是从具有类雌激素特性的植物中提取的化合物。大豆和豆制品是异黄酮最丰富的来源。尽管将大豆添加到营养计划中有很多好处，但大豆异黄酮也有一些副作用的风险。

乳腺癌

尽管研究结果有时相互矛盾，但莱纳斯鲍林研究所的研究人员说，大豆异黄酮可以增加雌激素受体乳腺癌细胞的产生。大量摄入这种化合物会影响一些癌症治疗的效果，比如它莫西芬。随着研究的继续，乳腺癌患者被建议坚持适量食用大豆，并限制过量补充。

甲状腺疾病

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威斯顿A的研究人员。价格基金会表示大豆异黄酮与甲状腺疾病的增加直接相关。大豆异黄酮可以通过干扰甲状腺激素合成来引起甲状腺肿和甲状腺功能亢进。通常可以避免甲状腺功能障碍，只要将足够的碘量加入到产品中，这是一种方案，其是大多数商业生产者的大多数大豆产品。然而，即使有足够的碘，高剂量的大豆补充剂也会导致甲状腺癌。

消化系统疾病

大豆异黄酮可以引起一些人的食物过敏，副作用包括瘙痒、流鼻涕、胃刺激和消化系统紊乱。梅奥诊所的医生说，大豆补充剂与腹胀、痉挛和其他胃部问题有关。肠道的副作用各不相同，喂食大豆配方奶粉会导致婴儿严重腹泻。便秘和粪便质量的变化也可能是大豆异黄酮的副作用。

头痛

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由大豆异黄酮制成的产品可能导致一些人的偏头痛，梅奥诊所说。有过敏反应的人可能会因为心率加快或心悸而出现轻度头痛。

未知的因素

宾夕法尼亚州立大学(Penn State University)的医生表示，目前关于摄入大量大豆异黄酮补充剂的最终后果的研究太少。尽管大豆、豆腐和豆豉中天然存在的大豆异黄酮一般被认为对健康成年人是安全的，但补充剂可能会带来其他未知的危险。大豆粉和药丸中所含的异黄酮含量往往不符合安全标准。为了预防导致甲状腺或癌症的副作用，消费者应该限制每天大豆摄入量到100毫克或更少。